IMAP4サーバの適正規模は、250ユーザー程度が目安と考えています。また、Outlookなどのメールクライアントは、1ユーザーで1セッションとは限らず、5〜10セッションを同時に張って処理することがあるため、ユーザー数以上に負荷がかかります。
そこで、IMAP4とPOP3の違いを生かして、次のように使い分ける方法があります。

	IMAP4	POP3
サブフォルダの管理	サーバ側	メールクライアント側
サブフォルダの共有	サーバ上のフォルダを、複数人で閲覧・参照できる	共有できない（各自のメールクライアントの中で管理）
サーバの負荷	高くなりやすい	軽くできる
向いているアカウント	代表アカウント	個人アカウント

IMAP4用のメールボックスフォルダ（INBOX）は、POP3用のメールボックスフォルダとは別の階層で管理されています。IMAP4のメールクライアントや、Windowsのエクスプローラーで手動で削除しない限り、消えることはありません。
（例）POP3用：C:\mail\inbox\[ドメイン名]\[ユーザー名]\
　　　IMAP4用：C:\mail\inbox\[ドメイン名]\[ユーザー名]\INBOX\

IMAP4のサブフォルダは、サーバ側で、UTF-7でエンコードされたフォルダ名で管理されています。一方、POP3のサブフォルダは、サーバ側ではなくメールクライアント側で管理されます。
そのため、IMAP4のサブフォルダを、サーバ上でPOP3のメールボックスフォルダにいくらコピーしても、POP3からは一切アクセスできません。
サブフォルダのメールを移すときは、POP3のメールクライアント側に同じサブフォルダを作っておき、フォルダごとではなく、中のメールをコピー＆貼り付けで移してください。

IMAP4専用で運用していたアカウントは、Account Managerの「POP3無効」チェックボックスがオンになっていることがあります。オンのままではPOP3で接続できないため、POP3へ移行するアカウントはオフにしてください（関連FAQ「IMAP使用時のメールボックスフォルダと「POP3無効」チェックボックスの関係について」参照）。

移行の途中などで、同じアカウントをPOP3とIMAP4の両方で使う場合は注意が必要です。POP3が先にメールを受信してサーバから削除すると、あとからIMAP4で接続したときに、IMAP4用のフォルダ（INBOX）へメールをコピーできなくなります。
意図的に併用する期間は、POP3のメールクライアントで、受信したメールを一定期間サーバに残す設定にしておいてください。

必要なメールをPOP3のメールクライアント側へ移し終えたことを確認してから、IMAP4用のフォルダとデータ（INBOXフォルダのほか、送信済みや他のフォルダも含む）を手動で削除してください（関連FAQ「POP3/IMAP4両用で使っていたメールボックスをPOP3のみに限定したとき残ったIMAP4用のデータはどうすればよいか？」参照）。