1. サービスが動作中のまま、メールサーバIPアドレスの変更やポート番号の変更を行ったケース
サービスが動作中のまま、詳細設定画面で設定するIPアドレスや、ポート番号の変更を行う操作をすると、停止処理でうまく停止できなくなってしまいます。詳細設定画面で設定するIPアドレスや、ポート番号の変更を行うときは、設定の根幹部分ですので、事前にサービスを停止しておかなければなりません。
正式な手順としては、たとえば、EPSTRS（SMTP受信部）のポート番号を"25"から、"20025"に変更する場合、サービス動作状態のまま行わないで、Mail Controlの「サービス制御」タブ画面よりいったんサービスを停止させてから、ポート番号を変更し、[適用］ボタンをクリック、その後にサービスを開始させるという手順になります。
もし、うっかりミスで事前にサービスを停止せず、詳細設定画面で設定するIPアドレスや、ポート番号の変更を行ってから、サービス停止操作を行ったときには、他の対応方法がありませんので、マシン全体の再起動を行ってください。

2. HAクラスタ構成でサービスの登録・開始をAdministratorで行わなかったケース
HAクラスタ構成の場合、メール作業フォルダとしてアクセスする共有フォルダをUNC名で指定するとき（例：\\srv\mailなど）、サービスの登録・開始をAdministratorで行うべきところ、LocalSystemで行ってしまうと、停止処理でうまく停止できなくなります。
なお、シングル構成時のメール作業フォルダは、通常、"C:\mail"のように、ローカルドライブを指定しますので、LocalSystemのままで支障はありません。

3. メール作業フォルダに指定しているドライブもしくはディスク不調、アクセス不可のケース
メール作業フォルダに指定しているドライブもしくはディスクがハード的に不調になっている状態、あるいはアクセス不可になっている状態では、サービスプログラムが正常に書き込みにいけませんから、このようになってしまう可能性もあります。

4. サービスプログラムのファイルが破損しているケース
きわめてまれなケースですが、サービスプログラムのファイルが何らかの原因で破損してしまうと、このようになってしまう可能性も考えられます。
この場合、各サービスプログラムをデバッグモードで起動させ、正常に働くかどうかを調べることで、破損していないかどうかを調べます。

5. 特定環境において一部バージョンで確認された不具合のケース
特定環境において一部バージョンで確認された不具合のケースがあります。最近のものでは以下のようなものがあります。状況に該当するときは最新差分アップデートを適用してください。
・E-Post Mail Server／E-Post SMTP Serverシリーズ（32bit版）
　EPSTRS v4.98とv4.99においてhostsファイルの記述形態により停止時にハングする現象。

(1) Windowsの「管理ツール」-「サービス」より、"E-POST 〜"の名前の付いた各サービスを「自動」から「手動」に変更する。
(2) OSを再起動する。
(3) 上記１〜３などの内容を確認して、正常にサービスを開始・終了できることが確認できたら、再び「自動」に戻す。